Vankileireille, joita perustettiin sodan alkuviikoista lähtien, joutui kaikkiaan noin 80 000 punaisten puolella taistellutta tai muuten yhteiskunnallisesti epäilyttäväksi katsottua henkilöä. Tarkoituksena oli pitää heidät poissa sotatantereelta ja estää uusien kapinapesäkkeiden synty. Valkoisten ajatuksena oli myös punaisten kapinallisten tuomitseminen rikkomuksistaan Suomen laillista hallitusvaltaa vastaan.
Vankiongelman ratkaiseminen ei ollut maan sekavista oloista johtuen helppoa. Vaasassa käytiin huhtikuun alussa senaatin ja vankeinhoitovirkamiesten välillä neuvotteluita, joissa lopulta päätettiin, että sotilasviranomaiset huolehtisivat vangeista, kunnes heidän asiansa olisi lopullisesti käsitelty.
Ylipäällikkö Mannerheimin päiväkäskyllä 23. 4. 1918 perustettiin päämajan alainen sotavankilaitos, jonka lopullinen organisointi tapahtui vasta 15. toukokuuta. Sotavankilaitos (SVL) oli yksi valloitettujen alueiden turvaamisosaston (VATO:n) neljästä jaostosta. VATO jakautui sotavankilaitokseen eli vankeinhoitoasiainjaostoon, piiripäälliköiden ja kommendanttien jaostoon, tutkintoasianjaostoon ja vankeintyöasiainjaostoon. VATO:n johtoon tuli Rudolf Walden.
Sotavankilaitoksen johtajaksi asettui Oulun lääninvankilan johtaja reservin majuri varatuomari Valter O. Juvelius. Hänen jälkeensä paikan otti Helsingin kuritushuoneen johtaja varatuomari Feodor Roos. Juveliuksen aluksi johtama organisaatio jakautui kuuteen osastoon: 1) intendentuuri, 2) sotavankilaitoksen ylilääkäri, 3) kasvatusosasto, 4) majoitus- ja kuljetusosasto, 5) tiedonanto-osato ja 6) vankien tavaroiden huoto-osasto. Suurin näistä oli intendentuuri. Se jakaantui vielä muonitus-, jalkine-, vaatetus-, kalusto-, kirjanpito- ja rahasto-osastoihin.
Sisällissodan aikana vankileirejä syntyi kymmenittäin. Sotavankilaitoksen johtajan Juveliuksen ensimmäisissä raporteissa vankileirejä oli 64 eri paikkakunnilla. Vankeja alettiin kuitenkin keskittää suurempiin yksiköihin heidän asioidensa tulevan tutkimisen helpottamiseksi.
Kesäkuun alussa leirejä oli vielä 26, mutta heinäkuun puolivälissä enää 15. Suurimmillaan vankimäärä oli kesäkuun alussa, jolloin vankeja oli noin 74 000. Valtiorikosoikeudet aloittivat kesällä toimintansa ja syyskuun puoliväliin mennessä vankileirien vankimäärä putosi 23000 vankiin. Valtiorikosoikeudet saivat lopulta mahdollisuuden langettaa ehdollisia rangaistuksia, jotta vankimäärä olisi saatu laskemaan tarvittavalla nopeudella.
Vankimäärän putoamiseen vaikutti osaltaan myös kesällä alkanut vankien menehtyminen vankileirien kurjiin oloihin. Vankileirien piti taata myös vankien turvallisuus useilla paikkakunnilla esiintyvää paikallista koston- ja rangaistuksenhalua vastaan. Ilmeisesti leirijärjestyksen vakiinnuttua vankileirit saavuttivat tämän tarkoituksen. Sen sijaan elintarvike- ja terveystilanne vankileireillä heikkeni huolestuttavasti. Vankileirikatastrofista tuli lopulta suurempi surma kuin pelätystä valkoisesta terrorista.
Suurimmat ja tunnetuimmat vankileirit ja niiden suurimmat ilmoitetut vankimäärät.
Yhteiskunnalliset olot rauhoittuivat vuoden 1918 lopulla siinä määrin, ettei uuden kapinan synty ollut enää todennäköistä. Sotavankilaitos siirtyi 15. 9. 1918 lopullisesti ja kokonaan senaatin oikeustoimikunnan alaisuuteen siviilivankeinhoitolaitokseen yhdistettynä. Tuolloin oli jo alkanut Kuopion kasarmin vankileirin alasajo. Jäljellä oli yhdeksän vankileiriä, joita nimitettiin pakkotyölaitoksiksi.
Kapinavankien historia ei kuitenkaan pääty tuohon syyskuun päivämäärään. Tuhansia vankeja virui vielä leireillä. Ensimmäiset armahdukset valtiorikosoikeuksien tuomitsemiin rangaistuksiin annettiin jo samana syksynä. P. E. Svinhufvudin nimissä annettiin 30. lokakuuta ja 7. joulukuuta armahduspäätökset lievempiä kuritushuonetuomioita saaneille. Armahdukset olivat tarpeen ja välttämättömiä. Myös ulkomaille alkoi kantautua kaikuja Suomen vankileirien tilanteesta. Vankien määrä oli vielä vuoden 1920 alussa noin 4000, mutta vuonna 1927 se oli enää noin 50.