Punakaartin johtomiehet ja organisaattorit saivat kaikkein ankarimmat tuomiot. Työväenjärjestöjen johtajat katsottiin myös suuremmiksi syypäiksi kapinan alkamiseen. Heidän kohdallaan kasarmilla olo ja sieltä ampuminen ei näytellyt suurta osaa tuomion saamisessa.
Luonnollisesti ampuminen luettiin raskauttavaksi tekijäksi, jos se pystyttiin todistamaan. Tämä koski lähinnä punakaartin rivimiehiä, joilla ei ollut suurta roolia työväenjärjestöjen tai punakaartin toiminnassa. Johtomiehet tavoitettiin usein muualta kuin kasarmilta. He olivat päässeet poistumaan kasarmilta ennen antautumista tai he eivät edes olleet kasarmilla taistelujen aikana. Kuopion seudulla punaisen terrorin osuus jäi melko vähäiseksi, mutta siihen osaa ottaneet olivat myös ankarimmin rangaistujen joukossa.
Kalle Kustaa Forsman sai valtiorikosoikeudessa valtiopetoksesta seitsemän vuoden kuritushuonetuomion ja sen lisäksi hän menetti kansalaisoikeutensa kahdeksitoista vuodeksi vankeusajan lisäksi. Forsman oli ollut elokuusta 1917 lähtien toimiston apulaisena Kuopion läänin läntisen vaalipiirin sosialidemokraattien piiritoimistossa Kuopiossa. Räätälien ammattiosastoon hän oli kuulunut jo vuodesta 1912. Forsmanin osallisuutta punakaartiin ei varmuudella voitu todistaa, eikä hänen osallisuuttaan taisteluun.
Forsman pidätettiin Rantasalmen suojeluskunnan toimesta Parkumäen pysäkillä. Hänet toimitettiin ensiksi Savonlinnaan, josta sitten edelleen Kuopioon. Syytetty vähätteli omaa osuuttaan kunnallistoimikunnan toiminnassa. Taavi Tainion mukaan tähän olivat kuuluneet hänen itsensä lisäksi Kalle Forsman, K. Koski, Lassi Hartikainen, Pekka Aakkula ja rouva Saarikivi. Forsman sanoi, että vaalin tulos saattoi olla tällainen, mutta itse hän ei ollut ottanut osaa kapinavuonna sen toimintaan. Tästä syystä hän ei tiennyt oliko kokouksissa käsitelty aseiden tuontia ja niiden jakamista koskevia asioita. Sen sijaan siinä kokouksessa hän oli ollut, jossa oli ensi kertaa käsitelty kaartin perustamisasiaa. Tämä oli jätetty kuitenkin työväenneuvoston lopullisesti päätettäväksi.
Tieduteluosaston kuulustelun päätteeksi Forsmanista todettiin, että "kiihkeänä työväen johtomiehenä on ollut yllyttämässä miehiä kaartiin ja aseelliseen toimintaan hallitusta vastaan sekä samalla itse ollut johtavassa asemassa. Syyllisyys raskauttavaa laatua".
Ilmeisesti Forsmanin lopullisesta syyllisyydestä ei ollut varmuutta, sillä esitutkintaviranomaiset katsoivat, että "nähtävästi salaa toimintaansa, niin ehdotetaan pidätettäväksi vangittuna kunnes saadaan lisätodisteita". Forsmanin kohdalla raskauttavaksi luettiin se, että hän oli kuulunut työväenjärjestöjen johtomiehiin ja näin päässyt vaikuttamaan vallankumousmielialan luomiseen työläisväestön keskuudessa.
Aleksander Lundberg saatiin myös kiinni hieman kasarmin antautumisen jälkeen. Hänet löydettiin asunnostaan kaupungilta, jonne hän oli palannut oleskeltuaan Murtolahden talossa Puutosmäen kylässä. Lundbergin nimi löytyi punakaartilaisten nimiluettelosta ja hänet vangittiin siksi, että hän oli päästänyt punakaartilaisia ampumaan asuntonsa "vinnille" kohti "telefoonisentraalia" sunnuntaiyönä 3. helmikuuta. Tuolloin hän oli myös karannut asunnostaan.
Jatkotutkimuksissa Lundbergista alkoi paljastua lisää raskauttavia seikkoja. Tiedusteluosaston johtaja Hugo Lindberg kertoi, että Kuopion taistelun aikana ammuttiin kiivaimmin juuri Lundbergin asunnosta. Tapauksen johdosta tutkittiin jopa kengän jäljet. Kyseisen asunnon katolle johtaneet jäljet sopivat juuri Lundbergin kengän jälkiin ja näin voitiin katsoa, että Lundberg saattoi olla syyllinen myös ammuntaan. Lundbergin asunnon kivijalasta löydettiin vielä pommi, jota epäiltiin myös hänen piilottamakseen. Tiedusteluosaston mukaan Lundberg oli harhaillut karkumatkallaan Varkaudessa saakka.
Lundberg pyrki kiistämään osallisuutensa Kuopion tapahtumiin. Räätälien ammattiosastoon hän ilmoitti kuuluneensa ja työväenjärjestyskaartiin syksyllä, mutta punakaartiin hän ei ollut kuulunut. Kuulustelussa Lundberg väitti, ettei ollut taistelussa mukana eikä ollut asettakaan kantanut. Häntä jouduttiin kuulustelemaan monta kertaa totuuden selville saamiseksi. Alustavien kuulusteluiden perusteella ei pystytty selvittämään Lundbergin puheiden totuudenmukaisuutta ja katsottiin, että tiedusteluosaston täytyy suorittaa jatkotutkimuksia hänen suhteensa.
Seuraavassa kuulustelupöytäkirjassa kuva Lundbergin syyllisyydestä oli jo selvillä. Häntä pidettiin salaperäisenä ja kiivasluontoisena. Lundberg oli kuulunut Kuopion työväenyhdistykseen jäsenenä ja ollut saapuvilla kaikissa sen kokouksissa. Hän oli siis salannut ja vääristellyt totuutta koko kuulustelujen ajan. Lopulta tiedusteluosaston lausunto Lundbergista oli lohduton: "Petollisimpia työväen toimihenkilöitä, toimeenpanevan järjestön jäsenenä ja sala-ampujana suuresti syyllinen". Tämän jälkeen lievän tuomion saaminen alkoi olla mahdottomuus.
Lundberg itse kiisti loppuun asti kaiken muun paitsi työväenneuvoston jäsenyyden ja sen, että oli ollut 31. tammikuuta neuvoston kokouksessa, jossa Taavi Tainio oli "selostanut seikkaperäisesti kansalaissotaa". Tuossa kokouksessa päätettiin Savon Työmiehessä olleesta julistuksesta, jossa työväestöä kehotettiin ryhtymään aseelliseen kapinaan.
Lundberg katsottiin syylliseksi valtiopetokseen ja julkiseen yllytykseen maan- ja valtiopetokseen. Valtiorikosoikeuden 12. osasto tuomitsi Lundbergille kahdentoista vuoden kuritushuonetuomion ja olemaan viisitoista vuotta ilman kansalaisluottamusta vankeusajan lisäksi. Räätäli Lundberg haki anteeksiantoa valtiorikosylioikeudelta ja hänen tuomionsa aleni yhdeksään vuoteen kuritushuonetta.
Pahimpia rikollisia olivat kuitenkin sellaiset punaiset, joiden katsottiin kapinan lisäksi osallistuneen seudun asukkaisiin kohdistuneisiin ryöstöihin ja terroritoimiin. Tällainen syytetty oli Immanuel Juuti. Syyttäjä vaati Juutille kuolemantuomiota, mutta valtiorikosoikeus langetti hänelle elinkautisen kuritushuonetuomion valtiopetoksesta. Tämän lisäksi Juuti menetti kansalaisluottamuksensa ainiaaksi. Suojeluskunnan ja esitutkintaviranomaisten ankaruus kuvastuu Juutista annetuista lausunnoista:
Ensimmäisen luokan punakaartilainen, salaa varmasti matkoistaan, ottanut osaa sotaan sekä taisteluun että järjestelyyn ollut vakoojana ja aseiden kuljettajana. Nähtävästi tietäisi Heinäveden punakaartin retkistä H.veden salokylillä jos tahtoisi kertoa. (VRO:n ja VRYO:n aktit [Immanuel Juuti, VRYO 4445], KA.)
Suojeluskunta ei ollut yhtään lempeämpi:
Kantanut haulipyssyä ja kivääriä. Aseiden riisumiseen ottanut osaa sodan aikana asevoimalla. Ottanut osaa Taavetti Karttusen murhaan. Asunnon läheisyydestä löydetty ryöstetty haulipys- sy ja Aaro Krögerin rahalompakko tyhjänä. Lausunto: on Immanuel Juutia pidettävä erittäin rikollisena. (Ibid.)
Todisteet puhuivat voimakkaasti Juutia vastaan. Talollinen Matti Jalkanen Haminalahdesta kertoi Juutin toimista kapinan aikana:
Helmikuun 6: pnä kello 6 aikoina aamusella tuli parisenkymmentä huligaania talooni rynnäten kahdeksan aseellista miestä sormet liipasimella etupäässä makuukamriini jossa olin vielä yö- tilallani huutaen, "kädet ylös, kädet ylös punakaartille." Kun ehtin vuoteestani nousta kätet ylös ojennettuna vaativat roistot aseita luovutettavaksi kaikkia mitä minulla vaan on sekä omia että lahtarien, ilmoitin että ei ole mitään lahtarien aseita ainoastaan kaikki omiani täytyi minun antaa roistojen vietä kaikki metsästys ym. pyssyt sillä henkeni oli vaarassa kun roistot lausuivat kuin yhdestä syy kolme miestä nimittäin Aukusti Laukkanen torpan poika, työmies Immanuel Juuti, ja torpan poika Vilho Ruuskanen, että "säästät talos, säästät henkes kun luovutat aseesi puna- kaartille" - - "Kun olet kotonasi et liiku missään kylällä etkä liity lahtarikaartiin etkä myöskään avusta lahtareita millään muotoa niin on henkesi ja talosi ja omaisuutesi turvattu", jonka jälkeen roistot poistuivat talostani. (VRO:n ja VRYO:n aktit [Immanuel Juuti, VRYO 4445], KA.)
Juuti teki lopulta laajan tunnustuksen ilmeisesti lievemmän tuomion toivossa. Tunnustuksessaan hän selvitti toimiaan kapinan aikana ja kielsi olevansa syyllinen anarkistisiin toimiin, vaikka kertomuksessaan hän ilmoitti olleensa mukana aseiden riisunnoissa ja elintarvikkeiden takavarikoinneissa.
Juutin tunnustuksesta käy ilmi, että hän oli hyvin tietoinen yhteiskunnan tilasta kapinaa edeltävänä aikana, mutta vaikka hän tiesi vallankumousmielialan valtaavan alaa, ei hän "Jumalan tähden uskonut", että sisällissota syttyisi suojeluskuntien ja punakaartin välille. Juutin mukaan kapinoitsijoihin oli lähes pakko liittyä:
Sanoivat tulevansa Karttulasta, kertoivat kaikkea vallankumouksen hirmuisesta voimasta ja sanoivat että on kokous, tule sinäkin jos meinaat säilyttää kansalaisluottamuksesi. Nyt joka ei ole mukana, se on vastassa, olin ennenkin kuullut sellaista puhetta. Menin kaikkea pahaa aavistamatta, pidin koko hommaa vain mielenosoituksena. (VRO:n ja VRYO:n aktit [Immanuel Juuti, VRYO 4445], KA.)
Tunnustuksen loppulauseessa Juuti osoittaa syvää katumusta tekojensa tähden ja samalla se on tavallaan vetoomus oikeudenmukaisemman yhteiskunnan puolesta:
jos minulle on tällainen erehdys tullut, niin armahtakaa Jumalan tähden, sillä kaikki olemme erehtyväisiä Hänen edessään vaan paljon enemmin lapseni tähden, kun hän joutuu kurjuuteen, joka on kasvattaja ja alkun kaikkeen yhteiskunnalliseen kurjuuteen josta on saanut nytkin yhteiskunta niin katkerasti kärsiä. (VRO:n ja VRYO:n aktit [Immanuel Juuti, VRYO 4445], KA.)
Ankarin valtiorikosoikeuden langettama tuomio kohtasi 44-vuotiasta Klaus Martikaista. Hän sai kuolemantuomion ja menetti kansalaisluottamuksensa ainiaaksi. Valtiorikosylioikeus muutti tuomion elinkautiseksi kuritushuonetuomioksi. Kuten jo aikaisemmin on käynyt ilmi tämä tapahtui liian myöhään, sillä Martikainen kärsi sydänvian aiheuttamasta heikkoudesta.
Martikainen tuomittiin maan- ja valtiopetoksesta. Tämän lisäksi hänet todettiin syypääksi elintarvikeryöstöihin Kuopion kaupungin elintarvikevarastosta Niiralasta. Martikaisen katsottiin olevan pahimmanlaatuinen työväen kiihottaja ja yllyttäjä. Rautatien konepajassa oli valmistettu pommeja ja todistajien kertoman mukaan juuri Martikainen oli tunnettu pomminrakentajana. Hän oli työskennellyt valtionrautateiden konepajalla ja kuului rautatieläisliittoon.
Omassa valtiorikosoikeudelle jättämässään vastineessaan Martikainen kiisti olleensa yllyttelijä ja kiihottaja tai tehneensä pommeja, mutta hän myönsi toimineensa jonkin aikaa 3. komppanian päällikkönä, koska oli ollut ennen sotamiehenä ja muonituspäällikkönä. Vastineessa hän myönsi tienneensä Jukka Rahjan tuoneen aseet Kuopioon. Hän oli ollut myös eräässä kokouksessa, jossa kansanedustaja Antti Mäkelin kehotti työläisiä tarttumaan aseisiin ja sanoi, että "Venäjältä tulee kyllä apua".
Valtiorikosylioikeudelle laatimassaan armonanomuksessa Martikainen "anoi ja rukoili" nöyrimmästi, että hänelle annettu ankara rangaistus muutettaisiin vaikka elinkautiseksi kuritushuonerangaisukseksi. Näin hänelle annettaisiin tilaisuus "pelastaa sielu" ja sovittaa tekemänsä rikkomukset.
Martikaisen tapauksessa korostuvat lähes kaikki rangaistuksen kannalta raskauttaviksi luettavat tekijät. Hän oli liittynyt työväenjärjestöön jo ensimmäisen kerran vuonna 1906 ja punakaartiin hän kuului johtomiehenä. Paikkakuntalaiset tunsivat hänet pahimpana kiihottajana ja yllyttäjänä. Martikainen johti osaltaan punakaartin toimia kasarmilla, mutta kuulustelijat eivät pystyneet todistamaan hänen ampuneen sieltä.
Martikainen oli myös organisoinut elintarvikkeiden takavarikointitoimia. Kuopiolaisia tuomittiin juuri näiden tekijöiden johdosta. Haminan huligaanien mukana hän ei ollut levittänyt kauhua Kuopion seudulle. Aseiden takavarikoimiseen ja Rahamäen murhaan häntä ei katsottu syylliseksi, mutta hänen syykseen katsottiin muita raskauttavia tekijöitä.